La (casi) solución al problema de la predicción de la estructura de las proteínas y las preguntas que esto plantea.

Resumen:

Acabamos de ver - no sin asombro- cómo uno de los problemas claves de la biología se resuelve (casi) completamente mucho antes de lo que hubiéramos esperado. Por primera vez, los nuevos métodos de Inteligencia Artificial, aplicados a los conocimientos y datos acumulados, han conseguido resolver de modo ejemplar numerosas estructuras de proteínas complejas, en lo que se considera el problema más complejo resuelto por la Inteligencia Artificial hasta ahora.

Predecir la estructura de las proteínas a partir de su secuencia es clave en la conexión entre genética y función biológica. Mientras que la bioquímica, biofísica y biología computacional siguen dedicando enormes esfuerzos al estudio de la física del proceso de plegamiento de las proteínas, otro tipo de aproximaciones basadas en la extrapolación del conocimiento de secuencias y estructuras de proteínas se han ido desarrollando durante los últimos 30 años, llegando ahora a lo que es sin duda un punto culminante.

Los resultados de la competición de predicción de estructura de proteínas CASP-14 demuestran que es un problema soluble y a su vez suscitan preguntas científicas y técnicas: ¿Resolver el problema de predicción es relevante para el conocimiento sobre el plegamiento de proteínas? ¿Reemplazarán los métodos computacionales a los experimentales (cristalografía y microscopía)? ¿Quedan problemas por resolver en el área de la bioinformática estructural? ¿Cuáles son los nuevos retos? o de modo más general, ¿es este un cambio cualitativo en las posibilidades de la Inteligencia Artificial?
También otras muchas de carácter más social: ¿Los resultados obtenidos por una compañía son útiles para la sociedad o el campo científico? ¿Y en las aplicaciones en biomedicina? ¿Están mejor organizadas las compañías que los grupos de investigación para resolver problemas científicos de esta dimensión?

En este charla introduciré el problema de predecir la estructura de las proteínas, resumiré los resultados de la competición CASP-14 de Diciembre y lo que suponen en la evolución del campo de predicción de proteínas, para terminar planteando respuestas iniciales a las preguntas que estos resultados plantean.

Ponente:

Alfonso Valencia
ICREA Research Professor, Dir. Departamento de Ciencias de la Vida, Barcelona Supercomputing Center.

Moderadora:

Cristina Sánchez
Vicedecana de Investigación Fac. CC Biológicas UCM